SomaScan | SomaLogic
Chez CITOGEN, nous réalisons des analyses protéomiques avec la technologie de SomaLogic. Le test SomaScan® est la première et unique plateforme capable de mesurer 11 000 protéines à partir d’un volume d’échantillon minimal.
Cela représente plus du double de la quantité de protéines des autres plateformes d’analyse protéomique, couvrant ainsi un plus grand nombre de voies biologiques, par rapport à tout autre test protéomique disponible.
Le test SomaScan® utilise des aptamères modifiés (SOMAmer ®) pour fournir 11 000 mesures hautement reproductibles de protéines circulantes à partir d’un seul échantillon de plasma, de sérum ou d’urine.
11 000 PROTÉINES
50 µL D'ÉCHANTILLON
REPRODUCTIBLE
(~5% CV)
SPÉCIFIQUE
DYNAMIQUE
10 logs (fM à uM)
SENSIBLE
Que sont les SOMAmer® ?
Les SOMAmer® (Slow Off-Rate Modified Aptamers) sont des réactifs de capture de protéines avec des nucléotides modifiés chimiquement qui améliorent la spécificité et l’affinité des interactions protéine-acide nucléique, par rapport aux aptamères et aux anticorps standard.
- Réactifs uniques : oligonucléotides synthétiques à simple brin, capables de reconnaître les protéines cibles de manière spécifique et avec une grande affinité.
- Stables et quantifiables
- Pour la découverte, la validation et le développement : contrairement aux anticorps, les réactifs SOMAmer® sont cohérents, ce qui permet une reproductibilité inégalée.
- Sélectionnés par SELEX : cette méthode permet de sélectionner dans la génothèque l’oligonucléotide qui se lie avec plus d’affinité aux protéines cibles, en fonction de sa forme et de la complémentarité de ses charges. Grâce à un processus d’amplification et de sélection itératives, les aptamères ayant de meilleures propriétés de liaison et de capture, comparables à celles des anticorps, sont sélectionnés.
Dans quel but peut-on l’utiliser ?
Comment fonctionne-t-elle ?
Les réactifs SOMAmer® sont incubés avec l’échantillon, ce qui entraîne la formation de complexes hautement spécifiques entre les SOMAmer® et les protéines. Chaque SOMAmer® est ensuite libéré de sa protéine cible et mis en compétition avec des molécules polyanioniques afin d’éviter les liaisons non spécifiques. Les SOMAmer ® ayant une faible constante de dissociation, les protéines y restent attachées. Les fluorophores sont mesurés après hybridation avec des séquences complémentaires sur une puce à ADN. L’intensité de fluorescence détectée dans le microréseau ADN est liée à la quantité d’épitopes disponibles dans l’échantillon d’origine.
Les réactifs SOMAmer (violet) sont synthétisés avec un fluorophore, une liaison photolabile et de la biotine.
Les réactifs SOMAmer liés à des billes de streptavidine sont utilisés pour capturer les protéines d’un mélange complexe de protéines (marron).
Les protéines qui ne se sont pas liées sont lavées et les protéines liées sont marquées à la biotine.
La lumière ultraviolette rompt la liaison photolabique, libérant les complexes dans la solution.
Les complexes non spécifiques sont dissociés, tandis que les complexes spécifiques restent liés.
Un compétiteur polyanionique (vert) empêche la réincorporation de complexes non spécifiques.
Les protéines biotinylées (et les réactifs SOMAmer liés) sont capturées dans de nouvelles billes de streptavidine.
Lorsque les réactifs SOMAmer sont libérés, ils sont hybridés à des séquences complémentaires sur une puce à ADN. L’intensité de la fluorescence, qui est liée à la quantité d’épitope disponible dans l’échantillon d’origine, est ensuite mesurée.
Découvrez le fonctionnement du test SomaScan®
Quel est le processus ?
Explorez le menu de 11 000 protéines de SomaScan
Aspects clés
Reproductible
Le test SomaScan n’étant pas basé sur des anticorps polyclonaux, qui sont variables, les données de SomaScan atteignent des coefficients de variation très faibles (~5 % CV). En outre, il s’agit de la seule plateforme pouvant être utilisée de manière constante au fil du temps pour effectuer des recherches sur les biomarqueurs, de la découverte au développement.
Spécifique
Alors que la plupart des tests de protéines sont basés sur une variation de la technique sandwich ELISA, le test SomaScan est basé sur la cinétique : les interactions non spécifiques se dissocient plus rapidement. Les tests ont confirmé une réactivité croisée minimale avec des protéines étroitement liées.
Sensible et dynamique
Des dilutions en série sont utilisées pour mesurer séparément des protéines de très haute et très faible abondance. Une plage totale de 10 logarithmes peut ainsi être mesurée à partir de seulement 55 μl de plasma ou de sérum.
| Niveaux de protéines | fM-pM | nM | uM |
| Dilution du plasma | 1:5 | 1:200 | 1:20000 |
| SOMAmers | 81 % | 16 % | 3 % |
11 000 protéines
Le plus grand test protéomique commercial du marché, fournissant plus de 11 000 mesures uniques de protéines.
Publications
Utilisez le tableau interactif pour trouver des publications d’intérêt. Vous pouvez filtrer par mot-clé, année, magazine, auteur ou titre.
