GeoMx Digital Spatial Profiler | Nanostring
CITOGEN offre aux centres de recherche et/ou laboratoires qui souhaitent profiter de la technologie de NanoString, mais ne disposent pas d’équipement pour analyser les échantillons, la possibilité de le faire dans notre laboratoire.
Une fois le projet connu, nos experts vous aideront à choisir le panel le plus approprié pour votre test. En fonction du protocole à appliquer, les échantillons seront traités sur l’équipement adapté et nous vous fournirons les résultats pour qu’ils puissent être analysés.
La plateforme GeoMx® de NanoString® permet de réaliser des profils spatiaux numériques d’expression génique.
Dans quel but peut-elle être utilisée ?
La technologie GeoMx Digital Spatial Profiling (DSP) de NanoString permet de réaliser, de manière simultanée, un test hautement multiplexé de l’expression génique dans plusieurs régions sélectionnées d’une coupe de tissu. On combine ainsi le contexte morphologique, qui peut être obtenu par des techniques immunohistochimiques, à la génération de transcriptomes complets et de profils de centaines d’analytes protéiques.
Le chercheur pourra approfondir sa compréhension de l’hétérogénéité des tissus, essentielle pour répondre à des questions biologiques clés, étudier les interactions cellulaires, les mécanismes de pathogénicité ou la réponse aux thérapies, et ainsi contribuer au développement de médicaments ciblés de nouvelle génération.
Technologie de
visualisation in situ
+ Spatiale –
– Multiplexage +
– Quantification +
– Précision +
Technologie de
profils moléculaires
Technologie de
visualisation in situ
Technologie de
profils moléculaires
+ Spatiale –
– Multiplexage +
– Quantification +
– Précision +
Aspects clés
CARACTÉRISATION DE L'ÉCHANTILLON
Détection d’ARN et de protéines hautement multiplexée.
QUANTIFICATION NUMÉRIQUE
Avec normalisation des données intégrée.
ÉCHANTILLONS COMPLIQUÉS
Analyse des protéines à partir d’échantillons de tissu FFPE ou de tissu congelé de seulement 5 µm.
CONTEXTE MORPHOLOGIQUE
Obtention d’images de l’échantillon en 4 couleurs pour sélectionner les régions d’intérêt.
Comment ça marche ?
La technologie DSP de NanoString combine des techniques d’immunofluorescence standard à la détection optique numérique de codes-barres moléculaires pour la réalisation de profils spatiaux numériques d’expression génique.
Quel est le processus ?
Échange/consultation avec nos experts
Choix du panel
Une grande variété de panels conçus et vérifiés par des experts, aussi bien pour l’ARN que pour les protéines, est à votre disposition. Vous pouvez également les personnaliser.
Choix des marqueurs immunofluorescents
En fonction des types cellulaires du tissu, pour pouvoir sélectionner les régions d’intérêt.
Envoi d'échantillons
Réception des données
Panels ARN
Oncologie
Le GeoMx® Cancer Transcriptome Atlas (CTA) a été conçu pour une analyse complète de la biologie tumorale, du micro-environnement et de la réponse immunitaire. Le panel permet d’analyser une expression d’environ 1 800 gènes couvrant une centaine de voies. Il permet :
- d’étudier la réponse immunitaire à la tumeur ;
- d’analyser le micro-environnement tumoral ;
- de quantifier la réactivité de la tumeur à la réponse immunitaire et aux traitements ;
- de réaliser le profil des tumeurs hétérogènes, en couvrant des ensembles de gènes cliniquement pertinents (Tumor Inflammation Signature, PAM50…).
Il peut en outre être personnalisé avec jusqu’à 60 cibles d’intérêt supplémentaires.
Immunologie et immuno-oncologie
Le GeoMx Immune Pathways Panel a été conçu pour étudier les aspects fondamentaux de la biologie de la tumeur, de son micro-environnement et du statut du système immunitaire. Le panel permet d’analyser 84 cibles d’ARN couvrant différentes voies. Il permet :
- d’établir le profil de la réponse immunitaire globale ;
- d’évaluer l’activité immunitaire du micro-environnement ;
- de quantifier la réactivité de la tumeur ;
- de mesurer la signature de l’inflammation tumorale de 18 gènes connue pour être associée à la réponse au blocage de la voie de l’inhibiteur PD-1 / PD-L1.
Neurosciences
Le GeoMx Whole Transcriptome Atlas (WTA) est conçu pour une analyse approfondie et détaillée de la biologie cellulaire, avec une couverture complète des gènes codants. Voici ses caractéristiques :
- Profilage spatial : possibilité d’identifier l’expression des gènes dans des régions spécifiques du tissu, avec cartographie des voies et des fonctions spécifiques, ainsi que de l’abondance des types cellulaires.
- Découverte de biomarqueurs : identification de biomarqueurs associés à une localisation dans le tissu, avec potentiel d’identification des processus ou des cibles thérapeutiques non localisées dans d’autres types de tests sur l’ensemble du tissu.
- Analyse des voies : le contenu annoté fournit une cartographie spatiale de l’activation des voies de signalisation à l’intérieur de compartiments distincts du tissu.
Panels de protéines
Immunologie et immuno-oncologie
Le Immune Cell Profiling Core permet d’analyser avec une résolution spatiale 18 cibles clés en immuno-oncologie et des marqueurs de cellules immunitaires (cellules T, cellules B, macrophages, cellules NK, épithélium et stroma). Il est possible d’ajouter jusqu’à 7 modules (chacun avec 10 cibles) supplémentaires au module « Core » :
- IO Drug Target Module : il comprend les cibles des médicaments en développement dans le domaine de l’immuno-oncologie, y compris les molécules de point de contrôle et les médiateurs métaboliques de la fonction immunitaire.
- Immune Activation Status Module : il comprend des molécules de point de contrôle supplémentaires qui modulent l’activation des cellules T.
- Immune Cell Typing Module : il comprend un ensemble étendu de marqueurs de cellules pour profiler plus en profondeur les types de cellules immunitaires couverts par le module « Core », par exemple les sous-types de cellules T.
- Pan-Tumor Module : il comprend un ensemble étendu de marqueurs pour détecter des types de tumeurs spécifiques, y compris les tumeurs du sein ER positif / HER2 positif, les néoplasmes hématopoïétiques et le mélanome.
- Cell Death Module : il comprend des protéines médiatrices de mort cellulaire immunogène et programmée.
- PI3K / AKT Signaling Module : il comprend des protéines clés impliquées dans la transduction des signaux PI3K-AKT et des produits protéiques phosphorylés qui permettent de mesurer l’activation de la voie.
- MAPK Signaling Module : il comprend des protéines clés impliquées dans la transduction des signaux MAPK et des produits protéiques phosphorylés qui permettent de mesurer l’activation de la voie.
Neurosciences
Le Neural Cell Profiling Core permet d’analyser avec une résolution spatiale 20 cibles conçues pour l’évaluation du profil cellulaire immunitaire, auxquelles on peut ajouter des modules liés au profilage des cellules neurales, à la pathologie d’Alzheimer ou de Parkinson, à l’autophagie ou au sous-typage des cellules gliales.
Exemples d’applications
- Connaître la biologie de régions spécifiques des tissus, par exemple des tumeurs.
- Déterminer l’abondance de différents types de cellules.
- Découvrir de nouveaux biomarqueurs, par exemple, pour étudier la réponse aux thérapies.
- Analyser les voies activées et la signalisation dans des régions spécifiques du tissu.
- Étudier les interactions cellulaires…
