GeoMx Digital Spatial Profiler | Nanostring
CITOGEN ofrece a aquellos centros de investigación y/o laboratorios que quieran disfrutar de la tecnología de NanoString, pero no disponen de equipo para analizar las muestras, la posibilidad de realizarlo en nuestro laboratorio.
Una vez conocido el proyecto, nuestros expertos le ayudarán a elegir el panel más apropiado para su estudio. En función del protocolo a aplicar, se procesarán las muestras en el equipo apropiado y compartiremos los resultados para su análisis.
La plataforma GeoMx® de NanoString® permite realizar perfiles espaciales digitales de expresión génica.
¿Para qué puede utilizarse?
La tecnología GeoMx Digital Spatial Profiling (DSP) de NanoString hace posible un estudio altamente multiplexado de la expresión génica en regiones seleccionadas de un corte de tejido, de manera simultánea. Se combina así el contexto morfológico que se puede obtener mediante técnicas inmunohistoquímicas, con la generación de transcriptomas completos y perfiles de cientos de analitos proteicos.
El investigador podrá profundizar en la comprensión de la heterogeneidad de los tejidos, lo cual es imprescindible para dar respuesta a preguntas biológicas clave, estudiar interacciones celulares, mecanismos de patogenicidad o la respuesta a terapias, ayudando al desarrollo de fármacos dirigidos de nueva generación.
Tecnología de
Visualización in situ
+ Espacial –
– Plex +
– Cuantificación +
– Precisión +
Tecnología de
perfiles moleculares
Aspectos Clave
CARACTERIZACIÓN DE LA MUESTRA
Detección de ARN y proteínas altamente multiplexada.
CUANTIFICACIÓN DIGITAL
Con normalización de datos integrada.
MUESTRAS COMPLICADAS
Análisis de proteínas a partir de muestras de tejido FFPE o tejido congelado de tan sólo 5 µm.
CONTEXTO MORFOLÓGICO
Obtención de imágenes de la muestra en 4 colores para seleccionar las regiones de interés.
¿Cómo funciona?
La tecnología DSP de NanoString combina técnicas de inmunofluorescencia estándar con la detección óptica digital de códigos de barras moleculares para la realización de los perfiles espaciales digitales de expresión génica.
¿Cuál es el proceso?
Consulta / Asesoramiento con nuestros expertos
Elección del Panel
Dispone de una variedad de paneles diseñados y verificados por expertos, tanto para ARN como proteínas. Además puede personalizarlos.
Elección de los marcadores inmunofluorescentes
En función de los tipos celulares del tejido para poder seleccionar las regiones de interés.
Envío de muestras
Recepción de los datos
Paneles ARN
Oncología
El GeoMx® Cancer Transcriptome Atlas (CTA) ha sido diseñado para un análisis completo de la biología del tumor, el microambiente y la respuesta inmune. El panel posibilita el análisis de la expresión de unos 1800 genes cubriendo unas 100 rutas. Permite:
- Estudiar la respuesta inmune ante el tumor
- Analizar el microambiente tumoral
- Cuantificar la reactividad del tumor a la respuesta inmune y a los tratamientos
- Realizar el perfil de tumores heterogéneos, cubriendo conjuntos de genes relevantes clínicamente (Tumor Inflammation Signature, PAM50…)
Además, se puede personalizar con hasta 60 dianas de interés adicionales.
Inmunología e Inmuno-Oncología
El GeoMx Immune Pathways Panel ha sido diseñado para estudiar aspectos fundamentales de la biología del tumor, su microambiente y el status del sistema inmune. El panel permite analizar 84 dianas de ARN cubriendo diversas rutas. Permite:
- Perfilar la respuesta inmunitaria global
- Evaluar la actividad inmunológica del microambiente
- Cuantificar la reactividad del tumor
- Medir la firma de inflamación tumoral de 18 genes que se sabe que está asociada con la respuesta al bloqueo de la vía del inhibidor de PD-1 / PD-L1
Neurociencia
El GeoMx Whole Transcriptome Atlas (WTA) está diseñado para un análisis exhaustivo y pormenorizado de la biología celular, con una cobertura total de los genes codificantes. Permite:
- Perfilado espacial: Posibilidad de identificar la expresión de genes en regiones específicas del tejido, con mapeo de rutas y funciones específicas, así como de abundancia de tipos celulares.
- Descubrimiento de biomarcadores: Identificación de biomarcadores asociados a una localización en el tejido, con el potencial de identificar procesos o dianas terapéuticas no localizadas en otro tipo de ensayos sobre todo el tejido.
- Análisis de rutas: El contenido anotado proporciona un mapeo espacial de la activación de rutas de señalización dentro de compartimentos discretos del tejido.
Paneles de proteínas
Inmunología e Inmuno-Oncología
El Immune Cell Profiling Core permite analizar con resolución espacial 18 dianas clave en inmuno-oncología y marcadores de células inmunitarias (células T, células B, macrófagos, células NK, epitelio y estroma). Al módulo “Core” se pueden añadir hasta 7 módulos (cada uno con 10 dianas) adicionales:
- IO Drug Target Module: incluye dianas de fármacos en desarrollo dentro del área de la inmuno-oncología, incluyendo moléculas de “checkpoint” y mediadores metabólicos de la función inmunológica.
- Immune Activation Status Module: incluye moléculas de “checkpoint” adicionales que modulan la activación de las células T.
- Immune Cell Typing Module: incluye un conjunto ampliado de marcadores de células para perfilar más profundamente los tipos de células inmunes cubiertos en el módulo “Core”, por ejemplo, subtipos de células T.
- Pan-Tumor Module: incluye un conjunto ampliado de marcadores para detectar tipos de tumores específicos, incluidos los tumores de mama ER + / HER2 +, neoplasias hematopoyéticas y melanoma.
- Cell Death Module: incluye proteínas mediadoras de muerte celular inmunogénica y programada.
- PI3K / AKT Signaling Module: incluye proteínas clave implicadas en la transducción de señales PI3K-AKT y productos proteicos fosforilados que permiten medir la activación de la vía.
- MAPK Signaling Module: incluye proteínas clave involucradas en la transducción de señales MAPK y productos proteicos fosforilados que permiten medir la activación de la vía.
Neurociencia
El Neural Cell Profiling Core permite analizar con resolución espacial 20 dianas diseñadas para la evaluación del perfil celular inmune, a las que se pueden añadir módulos relacionados con el perfilado de células neurales, patología de Alzheimer o Párkinson, autofagia o subtipaje de células de la glía.
Algunas Aplicaciones
- Conocer la biología de regiones específicas de los tejidos, por ejemplo, tumores.
- Determinar la abundancia de distintos tipos celulares.
- Descubrir nuevos biomarcadores, por ejemplo, para estudiar la respuesta a terapias.
- Analizar las rutas activadas y la señalización en regiones concretas del tejido.
- Estudiar interacciones celulares…
