SomaScan | SomaLogic
En CITOGEN realizamos análisis proteómicos con la tecnología de SomaLogic. El ensayo SomaScan® es la primera y única plataforma que puede medir 11k proteínas a partir de un volumen de muestra mínimo.
Esto representa más del doble de la cantidad de proteínas que cualquier otra plataforma de análisis proteómico, abarcando un mayor número de vías biológicas en comparación con cualquier otro ensayo proteómico disponible.
El ensayo SomaScan® utiliza aptámeros modificados (SOMAmer®) para proporcionar 11k mediciones altamente reproducibles de proteínas circulantes a partir de una sola muestra de plasma, suero u orina.
11K PROTEÍNAS
50 µL DE MUESTRA
REPRODUCIBLE
(~5% CV)
ESPECÍFICO
DINÁMICO
10-log (fM a uM)
SENSIBLE
¿Qué son los SOMAmer®?
Los SOMAmer® (Slow Off-Rate Modified Aptamers) son reactivos de captura de proteínas con nucleótidos modificados químicamente que mejoran la especificidad y afinidad de las interacciones proteína-ácido nucleico en comparación con los aptámeros y anticuerpos estándar.
- Reactivos únicos: oligonucleótidos sintéticos de cadena sencilla, capaces de reconocer proteínas diana de forma específica y con alta afinidad.
- Estables y cuantificables
- Para discovery, validación y desarrollo: A diferencia de los anticuerpos, los reactivos SOMAmer® son consistentes, lo que permite una reproducibilidad inigualable.
- Seleccionados por SELEX: Este método permite seleccionar de la genoteca el oligonucleótido que se une con más afinidad a las proteínas diana, basándose en su forma y complementariedad de cargas. Mediante un proceso de rondas de amplificación y selección iterativas, se seleccionan los aptámeros con unas mejores propiedades de unión y captura, comparable a la que tienen los anticuerpos.
¿Para qué puede utilizarse?
¿Cómo funciona?
Los reactivos SOMAmer® se incuban con la muestra, dando lugar a la formación de complejos altamente específicos entre los SOMAmer® y las proteínas. Cada SOMAmer® es posteriormente liberado de su proteína diana y se someten a la competencia con moléculas polianiónicas con el fin de prevenir uniones no específicas. Debido a que los SOMAmer® tienen una baja constante de disociación, las proteínas permanecen unidas a ellos. Los fluoróforos se miden después de la hibridación con secuencias complementarias en un chip de microarray. La intensidad de fluorescencia detectada en el microarray está relacionada con la cantidad de epítopos disponibles en la muestra original.
Los reactivos SOMAmer (púrpura) se sintetizan con un fluoróforo, un enlace fotolábil y biotina.
Los reactivos SOMAmer unidos a cuentas de estreptavidina se utilizan para capturar proteínas de una mezcla compleja de proteínas (marrón).
Las proteínas que no se han unido, son lavadas, y las proteínas unidas se marcan con biotina.
La luz ultravioleta rompe el enlace fotolábil, liberando los complejos de vuelta en la solución.
Los complejos inespecíficos se disocian mientras que los complejos específicos permanecen unidos.
Un competidor polianiónico (verde) evita la reincorporación de los complejos inespecíficos.
Las proteínas biotiniladas (y los reactivos SOMAmer unidos) son capturados en nuevas cuentas de estreptavidina.
Cuando los reactivos SOMAmer son liberados, se hibridan a secuencias complementarias en un chip de microarray y posteriormente se mida la intensidad de la fluorescencia, que está relacionada con la cantidad de epítopo disponible en la muestra original.
Aprende cómo funciona el ensayo SomaScan®
¿Cuál es el proceso?
Explora el menú 11K SomaScan
Aspectos clave
Reproducible
Debido a que el ensayo SomaScan no se basa en anticuerpos policlonales, que son variables, los datos de SomaScan alcanzan coeficientes de variación muy bajos (~5% CV). Además, es la única plataforma que se puede utilizar para la investigación de biomarcadores, desde el descubrimiento hasta el desarrollo, de manera consistente a lo largo del tiempo.
Específico
Mientras que la mayoría de los ensayos de proteínas se basan en una variación del enfoque sándwich ELISA, el ensayo SomaScan se basa en la cinética: las interacciones no específicas se disocian más rápido. Las pruebas han confirmado una reactividad cruzada mínima con proteínas estrechamente relacionadas.
Sensible y dinámico
Se utilizan diluciones seriadas para medir proteínas de muy alta y muy baja abundancia por separado, de modo que se puede medir un rango total de 10 logaritmos a partir de solo 55 μl de plasma o suero.
| Niveles de proteína | fM-pM | nM | uM |
| Dilución de plasma | 1:5 | 1:200 | 1:20000 |
| Somámeros | 81% | 16% | 3% |
11k proteínas
El ensayo proteómico comercial más grande del mercado, proporcionando más de 11k mediciones únicas de proteínas.
Publicaciones
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